Os objetivos da Empresa Comum para as indústrias baseadas na biotecnologia (BBI JU) são contribuir para uma economia mais eficiente na utilização dos recursos, mais sustentável, e com baixas emissões de carbono, assim como aumentar o crescimento económico e o emprego, em especial nas zonas rurais, através do desenvolvimento de indústrias baseadas na biotecnologia sustentáveis e competitivas na Europa, baseadas em biorrefinarias avançadas que explorem de forma sustentável a sua biomassa.